公元1840年，虚云禅师出生在福建泉州，出生时母亲就去世，后由庶母抚养长大。父亲萧玉堂公宦游福建，在永春州衙任幕僚，后来受聘入泉州府幕。

虚云禅师幼时，从师读儒书，17岁离湘至闽，19岁至福建鼓山涌泉寺出家，拜常开为师。次年依妙莲(1824－1907)受戒。

初渡海到普陀山，遍参各寺刹；继到宁波阿育王寺拜佛舍利，到杭州礼天朗和尚，到天宁寺礼清光和尚，到焦山礼大水和尚，到金山亲近观心、新林、大定等和尚，到扬州高旻寺礼朗辉和尚，光绪八年七月由南普陀起香，到十年五月到显通寺。礼拜北岳恒山、西岳华山。翌年春抵西安，礼慈恩寺大雁塔、华严寺杜顺和尚塔、清凉国师塔，及兴国寺玄奘法师塔。然后入终南山，在南五台结茅修行。

1897年为报母恩，在宁波阿育王寺燃指供佛。 1900年，再朝五台，行抵北京，遇战事随扈跸路西行至西安后，折回上终南山，结茅蓬于狮子岩，独修禅行。 1911年，为护寺产，息军人逐僧毁寺之举，冒顽强只身进见省军统李根源，以言相辩，用理折之，使其皈依佛门，鼎力助法。

虚云禅师在高旻寺禅堂修行那段时间，万念顿息，工夫“落堂”。到腊月的第八个禅七中，第三天夜晚，六枝香开静时，护七照例冲开水，热水溅手，茶杯堕地，一声破碎，顿断疑根，如从梦醒，他开悟了。 他述偈曰： 杯子扑落地，响声明沥沥， 虚空粉碎也，狂心当下息。

1906年，把鸡足山的钵盂寺改名护国祝圣禅寺，钦赐《龙藏》一部，銮驾全副护送《龙藏》到山，赐虚云和尚紫衣、玉印，并赐封号为“佛慈弘法大师”。 1911年，虚云和尚在鸡足山祝圣寺传戒，继之又结禅七七四十九日。 1912，在云南成立佛教分会。 1913年，亦回到云南，推动佛教会事务。 1918年，为筹募支那内学院经费之事亦到昆明，同住圆通寺。 1919年，担下重建云栖的重任。

1912年，应僧众电请，抵沪联络僧界，并为代表赴宁谒孙中山先生。 1913年，参加筹组中华佛教总会并出席成立大会。返回滇省，主持省分会会务。 1918年，主持昆明云栖寺修复，同时参与或主持兴福寺、节竹寺、胜因寺、松隐寺、太华寺、普贤寺等的修复。 1934年，应闽省主席扬幼京等之请出任福州鼓山涌泉寺方丈。 1944年，担起了中兴云门的重任。

1951年，地方干部及民兵百余人包围了云门寺，将老和尚拘禁于方丈室，将百余僧侣分别囚于禅堂及法堂，上自瓦盖，下及地砖，搜了两日，未搜到金银财物，乃殴打众僧，亦无所获，最后数大汉以木棒铁棍殴打老和尚，逼其交出金银财物。老和尚深入禅定，苦乐俱捐，多次殴打始终不死，干部们不敢再打。直到五月间此事传到韶州，大鉴寺僧人通知海内外同门，联合营救虚云老和尚。

1959年，老和尚以化缘已尽，住世无益，于是年十月十三日（农历已亥年九月十二日）示寂。世寿一百二十岁，僧腊一百零一年。荼毗之后，得五色舍利子数百粒。